Un módulo en JUX consiste en una carpeta cuyo nombre es el nombre del módulo y cuyo contenido mínimo es un archivo "index.php" que puede contener código php, html, javascript, etc. Ademas, puede tener includes a otros archivos .php dentro de su carpeta, y usar las variables y funciones que proporciona JUX. Tambien puede hacer llamadas a funciones de jquery, o usar un "skel" que proporciona funcionalidades básicas como añadir, modificar y eliminar entradas, paginación, categorías, comentarios, rating, etc.

Para cada módulo, incluso para cada entrada de cada módulo, pueden definirse algunas propiedades, como su posición y su nivel en el menú de navegación de la web, su visibilidad y su nivel de acceso.